Năm 1697, chúa Nguyễn Phúc Chu cho lập phủ Bình Thuận (từ Phan Rang trở về tây) chia làm hai huyện An Phước và Hòa Đa[18]. Cũng từ đây vùng đất Chăm còn lại (Phan Rang trở về đông) đã trở thành phiên thuộc của chúa Nguyễn và mối quan hệ giữa chúa Nguyễn và chúa Chăm là mối quan hệ giữa chính quyền trung ương và địa phương[18].

Đến năm 1712, chúa Nguyễn Phúc Chu đã ban hành một bản hiệp ước mới gọi là Ngũ điều Nghị định, trong đó khẳng định quyền xét xử của các chúa Chăm đối với các thần dân người Chăm và cũng quy định nghĩa vụ của các chúa Chăm đối với các chúa Nguyễn. Để giải quyết xung đột giữa người Chăm và người Việt, bản hiệp ước quy định các xung đột này sẽ do chúa Chăm tức Trấn Vương cùng với quan Cai bạ và quan Ký lục (cả hai là người Việt) phán quyết[19]. Chế độ tự trị này được duy trì cho đến tận năm 1832 qua các đời chúa Nguyễn, thời Tây Sơn và thời kỳ đầu triều đại nhà Nguyễn. Tuy nhiên, các đời chúa Chăm sau Po Saktiray Da Patih không còn duy trì được mối quan hệ trực tiếp với các chúa Nguyễn và mọi công việc của Thuận Thành Trấn được tiến hành thông qua phủ Bình Thuận[18] cho đến tận cuộc nội chiến giữa Nguyễn Ánh và Tây Sơn.

Năm 1793, phiên vương Thuận Thành là Tá (gọi theo Tiền Biên; tên Chăm: Po Tithun da parang) theo phe Tây Sơn bị Nguyễn Ánh đánh bại. Nguyễn Ánh cho tướng người Chăm của phe mình là Thôn Bá Hú (tức Nguyễn Văn Hào, gọi theo Tiền Biên, tên Chăm: Po Lathun da paguh) làm Chánh trấn Thuận Thành và trong năm 1794 đặt chế độ chánh trấn và phó trấn và bỏ chế độ phiên vương.[20]

Năm 1832, nhân dịp có cuộc khởi nghĩa Lê Văn Khôi ở phía Nam người Chăm lại nổi dậy chống lại vua Minh Mạng nhưng không thành công.[18]. Chính quyền tự trị hạn chế của người Chăm chấm dứt tồn tại vào năm 1832, khi Hoàng đế Minh Mạng đổi Thuận Thành thành phủ Ninh Thuận và đặt quan lại cai trị trực tiếp[21]. Lịch sử vương quốc Chăm Pa chính thức dừng lại ở đây[22].